covid-19

Så ska Sverige få koll på mutationerna

Så ska Sverige få koll på mutationerna
En pipett med åtta kanaler används då prover förbereds för att söka efter mutationer av coronaviruset på Laboratoriemedicin i Lund. Foto: Johan Nilsson/TT.

Alla universitetssjukhus kommer snart att kunna kartlägga mutationer av covid-19 genom sekvensering. Det säger Karin Tegmark Wisell på Folkhälsomyndigheten.

‒ Vi har kontakter med samtliga regioner och har gått igenom vilka som har för avsikt att etablera egen sekvensering och vilka som behöver stöd för att klara av det, säger Karin Tegmark Wisell, chef för avdelningen för mikrobiologi på Folkhälsomyndigheten.

Uppdraget från regeringen är att prover från alla regioner ska ingå i analyserna. Folkhälsomyndighetens mål är att minst 10 procent av de positiva proverna kartläggs för att få koll på vilka mutationer som finns i omlopp.

Tekniken för att analysera arvsmassan hos virus med helgenomsekvensering finns och används redan på i princip alla universitetssjukhus. Men nu gäller det att ställa om och anpassa metoderna för att kunna analysera just covid-viruset på detaljnivå.

Brittiska varianten tar över

Den senaste rapporten från den europeiska smittskyddsmyndigheten ECDC visar att den brittiska mutationen nu finns spridd i alla länder i Europa och har tagit över som den vanligaste varianten bland annat i Storbritannien och Irland. Det är oroande anser ECDC eftersom den sprids lättare och även tycks kunna orsaka allvarligare sjukdom. ECDC påpekar att det är mycket viktigt att alla länder snabbt bygger upp möjligheten att kunna kartlägga virusvarianter.

Som Vårdfokus tidigare berättat ska Laboratoriemedicin i Lund den här veckan starta helgenomsekvensering för att kunna kartlägga de olika virusvarianterna.

I Stockholm kommer både Karolinska universitetssjukhuset och Karolinska institutet att göra helgenomsekvensering av coronaviruset i stor skala.

Kapaciteten ökar snabbt

Förra veckan levererade Karolinska universitetssjukhuset de första 100 provsvaren till Folkhälsomyndigheten och Smittskydd Stockholm.

‒ Vi siktar mot att landa på minst 500 prover per vecka. Vår kapacitet för att kunna ta emot prover från Stockholm och andra regioner ökar snabbt, säger Claes Ruth, funktionschef för Karolinska universitetslaboratoriet.

Karolinska universitetssjukhuset har sedan länge ett samarbete med Clinical Genomics inom SciLifeLab i Stockholm för olika typer av storskalig sekvensering för sjukvårdens behov.  När det gäller coronaviruset görs en del av det laborativa arbetet på Klinisk mikrobiologi på Karolinska universitetssjukhuset och en del på SciLifeLab, där själva sekvenseringsmaskinerna finns.

Bråttom att komma igång

Även Karolinska institutet har ställt om en stor del av sin laboratoriekapacitet för att kunna utföra helgenomsekvensering av Sars-CoV-2.

”Att det är bråttom att få igång det här i större skala är nog alla överens om. Det kommer nya och illavarslande tecken om att muterade stammar snabbt verkar spridas runt om i världen. KI kan i hög grad bidra genom att ställa laboratorieresurser till regionernas och myndigheternas förfogande”, skriver Karolinska institutets rektor Ole Petter Ottersen i sin blogg.

Karin Tegmark-Wisell, chef för avdelningen Mikrobiologi på Folkhälsomyndigheten.
Karin Tegmark-Wisell är chef för avdelningen Mikrobiologi på Folkhälsomyndigheten.

Karin Tegmark Wisell bekräftar att Folkhälsomyndigheten är i slutfasen för att kvalitetssäkra sekvenseringen vid Karolinska institutet och att de avser att ingå en överenskommelse.

‒ Eftersom alla regioner inte har möjlighet att utföra egen sekvensering är det viktigt att ha en aktör som kan bistå dem på ett snabbt och effektivt sätt. KI har stor kapacitet för sekvensering som de i samarbete med oss på Folkhälsomyndigheten nu vill göra tillgänglig för de regioner som har sådana behov, säger hon.

Fiskar upp misstänkta prover

I Uppsala har Akademiska laboratoriet som mål att snart kunna helgenomsekvensera alla de positiva prover som man misstänker kan vara mutationer.

‒ Vi använder en PCR-metod som fungerar som en håv som fiskar ut de prover som misstänks vara muterade varianter. Därefter sekvenserar vi hela genomet på dem för att kunna se exakt vilken mutation det är, säger Johan Lindh, sektionschef på Klinisk mikrobiologi.

Johan Lind, sektionschef Klinisk mikrobiologi, Akademiska laboratoriet
Johan Lind är sektionschef för Klinisk Mikrobiologi vid Akademiska laboratoriet i Uppsala. Foto: Helena Mirsch

Nu ska metoden kvalitetssäkras och automatiseras för att svaren ska bli både korrekta och kunna ges snabbt.

‒ Det är viktigt att kunna ge svar så snabbt som möjligt. I dag kan vi ge svar på om ett covidtest är positivt eller negativt inom 24 timmar. Vårt mål är att vi ska även ska kunna typbestämma dem utifrån vilken mutation det är inom totalt 48 timmar, säger Johan Lindh.

Dyra investeringar

Enligt Karin Tegmark Wisell är universitetssjukhusen i Umeå, Linköping, Uppsala, Örebro samt Sahlgrenska i Göteborg långt framme för att starta helgenomsekvensering. Vissa är redan igång, som Umeå i samarbete med FOI (Totalförsvarets forskningsinstitut), andra är i uppstartsfasen.

Statens veterinärmedicinska anstalt, SVA, har också tekniken och kunnandet för att kunna göra helgenomsekvensering i större skala. De kommer att göra analyser åt Region Jönköping, Kronoberg och Örebro, uppger Sveriges Radio. Folkhälsomyndigheten har även ett samarbete med ett tyskt laboratorium som hittills gjort många av analyserna.

‒ Det är en komplex teknik och ganska dyra investeringar, men även om det inte är möjligt att bygga upp det i alla regioner just nu, så finns det mer eller mindre automatiserade system under utveckling. På sikt önskar vi att alla regioner ska ha denna teknik på plats för angelägna frågeställningar inom mikrobiologi, säger Karin Tegmark Wisell.

Mutationer covid-19

  • Virus förändras hela tiden och de flesta mutationer är neutrala och förändrar inte virusets egenskaper.
  • Vissa är dock fördelaktiga för viruset genom att öka dess stabilitet eller förmågan att föröka och sprida sig eller förändringar som görs att de inte känns igen av antikroppar.
  • I dagsläget ses flera virusvarianter av covid-19 i världen, uppkallade efter de länder där de först upptäcktes: den brittiska varianten, den sydafrikanska och den brasilianska.
  • Studier från Storbritannien och Brasilien talar för att de virusvarianterna lättare tar sig in i värdcellen, vilket underlättar infektion och ökar risken för smittspridning.
  • I Sverige är den brittiska varianten nu allmänt spridd, medan det finns ett fåtal fall av den sydafrikanska varianten och hittills inget verifierat fall av den brasilianska.
  • Det finns tidiga data som talar för en minskad skyddseffekt av vaccin när det gäller den sydafrikanska varianten.

Källor: Vetenskapsakademin, Folkhälsomyndigheten.

Mer om ämnet

Senaste jobben

Hämtar fler artiklar
Till Vårdfokus startsida