Snabba ryck för att få igång sekvensering
Att kartlägga hur vanliga de nya varianterna av coronaviruset är ställer tuffa krav på laboratorierna. Det tar flera veckor att sätta upp de nya analysmetoderna och det är inte alla som har de tekniska förutsättningarna och kunskapen.
På Laboratoriemedicin i Lund blir det långa arbetsdagar för de som arbetar med att sätta upp metoden för helgenomsekvensering (WGS) av coronaviruset SAR-CoV-2.
‒ Ja, det blir en hel del övertid just nu, det är mycket intensivt. Men det är också väldigt intressant och lärorikt att få vara med och ta fram något nytt och få det att fungera, säger Tommy Göransson som är biomedicinsk analytiker.
Analysmetoden ska göra det möjligt att se vilka nya muterade varianter av viruset som finns bland dem som testats positivt.
Alla regioner ska ingå
Kravet från regeringen är att prover från alla regioner ska ingå i sekvenseringsanalyserna. Folkhälsomyndighetens mål är att minst 10 procent av de positiva proverna sekvenseras. På gårdagens presskonferens sade dock Anders Tegnell att inriktningen är 20 procent och att hans uppfattning är att det går att nå det målet ganska snart.
Inom Laboratoriemedicin i Lund finns ett av få regionala laboratorier i landet som har kompetens och kapacitet att genomföra denna form av analys i större skala. Det är ett samarbete mellan den molekylärbiologiska enheten på Klinisk mikrobiologi, Vårdhygien och Centrum för molekylär diagnostik, förklarar Anna Söderlund Strand som är mikrobiolog och arbetar i det här projektet tätt tillsammans med biomedicinska analytikern Tommy Göransson.
‒ Proverna kommer till oss på mikrobiologen, vi väljer och förbereder dem för analys och sedan sker själva sekvenseringen på Centrum för molekylär diagnostik. Vi ansvarar sedan för svarsrapportering till Smittskyddsenheten och andra beställare, säger Anna Söderlund Strand.
Får fram alla varianter
Analysen innebär att man gör en helgenomsekvensering, det vill säga kartlägger hela virusets arvsmassa.
‒ Vi kommer kunna få fram alla varianter, säger Anna Söderlund Strand.
Kartläggningen syftar bland annat till att följa pandemins utveckling när fler blir vaccinerade. Särskilt intressant blir att titta på virus från patienter som blivit infekterade trots att de vaccinerats och på patienter som insjuknar i covid-19 en andra gång. Då kan det röra sig om nya varianter av viruset. En annan möjlighet är att detaljstudera varianter av virus inom ett utbrott.
‒ Nu arbetar vi med att validera metoden, ser till att den fungerar som det är tänkt, säger Tommy Göransson.
Om allt går i lås hoppas Region Skåne att helgenomsekvenseringen ska kunna vara igång nästa vecka.
Bättre koll är viktigt
Det är viktigt att Sverige snabbt får bättre koll på viruset och hur det muterar, anser Kungliga Vetenskapsakademins expertgrupp om covid-19 som i dag lagt fram en ny rapport.
”Den pågående snabba evolutionen av virusvarianter gör det nödvändigt att utföra storskalig sekvensering av virusgenom, följa smittspridningen med epidemiologiska studier i realtid, och dela dessa data med resten av världen”, skriver expertgruppen i sin rapport.
Mutationer covid-19
- Virus förändras hela tiden och de flesta mutationer är neutrala och förändrar inte virusets egenskaper.
- Vissa är dock fördelaktiga för viruset genom att öka dess stabilitet eller förmågan att föröka och sprida sig eller förändringar som görs att de inte känns igen av antikroppar.
- I dagsläget ses flera virusvarianter av covid-19 i världen, uppkallade efter de länder där de först upptäcktes: den brittiska varianten, den sydafrikanska och den brasilianska.
- Studier från Storbritannien och Brasilien talar för att de virusvarianterna lättare tar sig in i värdcellen, vilket underlättar infektion och ökar risken för smittspridning.
- I Sverige är den brittiska varianten nu allmänt spridd, medan det finns ett fåtal fall av den sydafrikanska varianten och hittills inget verifierat fall av den brasilianska.
- Det finns tidiga data som talar för en minskad skyddseffekt av vaccin när det gäller den sydafrikanska varianten.
Källor: Vetenskapsakademin, Folkhälsomyndigheten.
Den brittiska varianten av Sars-CoV-2 finns nu allmänt spridd i Sverige, sade statsepidemiolog Anders Tegnell på Folkhälsomyndighetens presskonferens i går.
Nya varianten tar över
Typnings-PCR med prover från fyra regioner har gjorts under vecka 4 och 5. Vecka 4 var 10 procent av de positiva proverna den muterade brittiska varianten. Men redan veckan efter var 14,5 procent av de positiva proverna den brittiska varianten.
Proverna kom från Västra Götaland, Gävleborg, Skåne och Västmanland. Västra Götaland hade högst andel muterat virus. Där var så många som 20,4 procent av de positiva proverna den brittiska varianten. Läs mer om Folkhälsomyndighetens undersökningar här.
‒ Vi måste ta detta på stort allvar och intensifiera vårt arbete med kontroll och smittspårning eftersom man tror att den här varianten kan spridas något mer effektivt. Helt uppenbart håller den här varianten på att ta över. Ser vi på hur den sprids i Europa där den tar en allt större andel, så kan vi nog räkna med en liknande utveckling i Sverige också, sade Anders Tegnell på presskonferensen.
Tar tid att ställa om
Enligt Anders Tegnell är Sverige i ett uppbyggnadsskede för att kunna göra egna genomsekvenseringar av viruset. På presskonferensen ställde Vårdfokus frågan om man kommer klara att få in data från alla regioner, som regeringen ställt som krav.
‒ Ja, det är vår bedömning. En del kommer kunna göra det själva eller delvis själva, för andra kommer vi hitta aktörer som kan stötta dem.
Är du bekymrad över regionernas förmåga att klara av att göra de här fördjupade analyserna?
‒ Kanske om man ser på dem en i taget. Men med en kombination av olika aktörer har vi kapacitet att kunna hantera det här. Men det tar lite tid att ställa om.