Söker genvägar till sjukdomsbot

Våra genetiska »fingeravtryck« kan berätta mycket om oss, till exempel vilka ärftliga sjukdomar vi bär på. Men det gäller att veta hur man ska leta och var. Den isländska biobanken Decode sitter på en guldgruva: prover från en avgränsad befolkning, högteknologi och ett land fullt av släktforskare.

8 november 2004

Decodes företagsidé är att med hjälp av den isländska befolkningens släktträd och prover från frivilliga patienter spåra och beskriva ärftliga orsaker till vissa sjukdomar.

Hur gör man för att isolera sjukdomsgener? Vår väg genom biobankens olika arbetsstationer börjar från botten, med att stå och huttra i kylskåpet hos en robot som tar fram lagrade prover. För att släppas in fick vi passera genom en källardörr som bara öppnas om en av sex personer med rätt att gå in ställer sig framför ögonavläsaren.

– Det är ögonrörelserna den läser av så det skulle inte räcka med att hålla fram mitt avhuggna huvud, skämtar Páll Gestsson, ingenjören som är vår guide.

Varför så väl inlåst? Jo, här förvaras blodprov från de 110000 islänningar (av 280000) som hittills har sagt ja till att vara med i företagets forskning. Från början, när företaget startade 1996, kom man överens med staten om att bygga en databas med viss krypterad information från medicinska journaler och sedan mot en årlig avgift få använda uppgifterna i databasen i tolv år. De islänningar som inte ville vara med i hälsoregistret kunde meddela det.

Många var dock starkt kritiska mot överenskommelsen – även om mindre än tio procent begärde utträde – inte minst isländska läkare. Det blev aldrig någon databas och 1998 kom en lag om trefaldig kryptering av alla personuppgifter som används i forskning.

I dag samarbetar Decode med specialistläkare i sjukvården. Samtidigt som blodprov lämnas för speciella sjukdomsprojekt får patienterna ett formulär om samtycke att låta Decode spara proven. Över 90 procent av provlämnarna har hittills sagt ja.

När Decode hanterar proverna sker det mesta helautomatiskt. På kvällen läggs beställningar inför nästa dags arbete in via dator från labben högre upp i huset och under natten arbetar en robot, »arkivarien«, med att ur frysarna i källaren ta fram det beställda. På morgonen kan 500 prover vara klara att användas. I snitt gör man 300 dna-isolat per dag.

Om man vill få tag i sjukdomsgener snabbt är det viktigt att söka i rätt population. Här har Decode en utmärkt sits. Islands befolkning har varit isolerad sedan ön befolkades av norska vikingar och deras keltiska kvinnor på 800-talet.

– Det unika med Decode är alla släktträd vi har tillgång till, berättar Eiríkur Sigurðsson, biolog och informatör.

Decode forskar kring ett 50-tal vanliga sjukdomar som astma, psoriasis, multipel skleros, stroke och Alzheimer. Att ta fram behandlingar och läkemedel hör också till verksamheten.

På laboratoriet där dna isoleras arbetar sex biomedicinska analytiker. På hela företaget är de 25, en liten del av de totalt 400 anställda. De flesta arbetar i Reykjavik, men företaget finns också i usa.

Laboratoriet använder en patenterad metod där en hel bricka prover flyttas på en gång vilket innebär att varje person kan isolera 200 prover per arbetspass.

Via korridorer och trappor i det stora företagskomplexet kommer vi till labbet där prover förprepareras för pcr-analys. Rätt spårbara markörer plockas fram ur markörfrysen och stoppas i en dator – roboten har skapat ett spår som visar vilken markör som ska användas.

Fyra, fem markörer används per 100000 prover per dag. Efter en minut kommer ur datorn en platta med 384 prover färdiga att köras med pcr.

Vår nästa anhalt är ett genotypningslaboratorium med en mängd små svarta pcr-maskiner. De förstärker de genetiska markörerna för fortsatt dna-analys. Apparaterna för dna-analys omvandlar sedan dna till datoriserad genetisk information. Ut kommer information om genetiska markörer som kan ses som vägvisare i genomet.

– Här kan vi analysera bortåt 30 miljoner markörer i månaden. Den informationen används för att ta reda på vilken del av arvsanlagen som en patient oftare ärver från en förfader än vad som kan bero på slumpen, berättar Eiríkur Sigurðsson.

Att företagets forskning intresserar märktes när det var öppet hus nyligen. Fler kom än vad personalen hade väntat sig.

Men att Decode är uppskattat bland många islänningar hade vi redan fått en uppfattning om. Innan vi passerar spärrarna, lämnar in besöksbrickorna och ger oss ut i regnet igen berättar vi att vi ska till sjuksköterskeföreningen (Félag íslenskra hjúkrunarfræðinga), där personalen – tack vare Islendingabok – kommit på att de alla är släkt med varandra (se artikel på sidan 20).

Islendingabok har lagts ut på Internet av Decode och är en sammanställning av uppgifter från kyrkböckerna och de offentliga registren. Med en kodnyckel kan alla islänningar gå in och titta på sitt släktträd.

– Ja, nu är det möjligt för isländska tjejer att gå in och titta för varje ny kille de träffar – så att det inte är någon släkting, skrattar Eiríkur Sigurðsson.

Arbetet steg för steg
Arbetet med att identifiera de genetiska variationer som ligger bakom våra vanligaste sjukdomar bygger på automatik och högkapacitetsteknologi i varje moment.

Processen består av spårning av allt blod och dna-prover i en omfattande provdatabas.

Automatisk lagring och framtagning av biologiskt material. 

Halvautomatisk dna-isolering.

För-PCR-framställning, PCR-analys och skapande av laddningsplattor för elektrofores.

Elektroforetisk kapillär dna-analys.

Automatisk kvalitetskontroll med flera metoder.

Potentiell felsökning.

Automatisk import av kvalitetskontrollerade genomtyper i databasen.

Kartläggning av sjukdomsgen.

Liten ordlista
PCR-polymeras chain reaction:
En dna-teknik där man med ett enzym förökar en gen eller en del av en dna-molekyl.

SNP-markörer: Single nucleotide polymorphism, enstaka variabler i byggstenar i arvsmassan som skiljer sig åt människor emellan.

Hämtar fler artiklar
Till Vårdfokus startsida