Att bidra till världens första proteinatlas är det roligaste hon gjort

Biomedicinska analytikern IngMarie Olsson har ägnat elva år åt att kartlägga människans proteiner. 

– Det har varit jättespännande ända från början. Och det är fortfarande det roligaste jag gjort under mina 39 år som biomedicinsk analytiker.

Det säger IngMarie Olsson som i elva år deltagit i det jättelika projektet Human protein atlas. När nu atlasen är klar (den presenteras på en presskonferens i dag) visar det sig att en frisk människa är uppbyggd av cirka 20 000 proteiner.

IngMarie Olssons huvuduppgift har varit att göra vävnadsanalyser med hjälp av TMA, Tissue microarrays. Hon har stansat ut mängder av små vävnadsprover ur vilka hon sedan har kunnat analysera uppemot 250 proteiner utifrån en och samma TMA.

Det kan låta enahanda, men att göra TMA är långt ifrån det enda som IngMarie Olsson ägnat sig åt.

Provade sig fram

– De första åren försökte vi komma på hur vi skulle göra, vi provade oss fram. Och sen gör jag många andra saker.

Förutom att IngMarie Olsson ansvarar för insamlingen av vävnader och  snittning är hon även gruppledare med ansvar för scanningen av alla de 13 miljoner bilder som finns i atlasen. 

– Vi som jobbar med det här ser också till att bli ganska breda kunskapsmässigt, så att vi kan flytta runt mellan olika moduler. Vi ska kunna många saker, och det gör också att vi inte tröttnar.

Få vävnadsunika proteiner

Databasen, som kan liknas vid ett virtuellt mikroskop, är öppen för alla (se länk till höger). Det stora antalet bilder som finns i den visar lokaliseringen av människans proteiner i samtliga vävnader och organ.

En intressant upptäckt som gjorts under projektets gång är att få organ är uppbyggda av vävnadsspecifika proteiner, vilket man tidigare trott. Bara några få organ är uppbyggda av unika proteiner, exempelvis insulin i bukspottskörteln, det prostataspecifika proteinet PSA och troponin i hjärtat.

Kan leda till fler jobb för biomedicinska analytiker

Projektet startade 2003, två år efter att världens första kartläggning av människans cirka 20 000 DNA-sekvenser presenterades.

På den arbetsplats där IngMarie Olsson arbetar – institutionen för immunologi, genetik och patologi vid universitetet i Uppsala – var de från början fem personer som arbetade med projektet. I dag är de 30, varav ett tiotal är biomedicinska analytiker.

– I förlängningen tror jag att projektet kommer att få en massa spinoffeffekter. Inte minst inom den medicinska forskningen och inom läkemedelsindustrin. Det tror jag kommer att leda till fler jobb för oss som är biomedicinska analytiker, säger IngMarie Olsson.

Hundratalet forskare involverade

Totalt sett är ett hundratal forskare involverade i projektet, som är ett samarbete mellan forskargrupper på Kungliga tekniska högskolan i Stockholm, Uppsala universitet och ett forskningslaboratorium i Indien.

Målet har varit att kartlägga alla proteinerna som kodas av människans gener. Varje gen innehåller en kod för hur ett visst protein ska tillverkas. 

Projektet blev färdigt tidigare än vad som var tänkt. En förklaring till det är den snabba tekniska utvecklingen. Inte minst den nya Next-generationen av sekvenseringsmaskiner har lett till att sekvensering av dna och analyser av mRNA gått betydligt snabbare än vad man kunde tänka sig för ett decennium sedan.

Uppemot 70 000 användare i månaden

Databasen används redan i dag flitigt. Varje månad utnyttjas den av mellan 60 000 och 70 000 unika användare och dagligen publiceras i snitt två vetenskapliga artiklar av forskargrupper som använt de reagenser som utvecklats för att göra proteinerna synliga.

Nästa steg är nu att även göra en atlas över vilka proteiner som är aktiva i sjuka vävnader och organ. Det projektet väntas bli klart inom fyra år.